2つの工学系大学で迷ったら研究室まで比較した方がいい？

はい。特に大学院進学や卒業研究を重視するなら、研究室の研究分野、指導体制、設備、配属時期や方法、学生の活動状況を比較すると判断材料になります。ただし、学部前半の授業内容や実験環境、通学、費用なども含め、志望分野との相性を総合的に確認しましょう。研究室の情報や配属制度は学部・年度で異なるため、公式情報や説明会で確かめてください。