勉強や休憩のために空きコマを残した方がいい？

はい。可能であれば、勉強や休憩のためにある程度の空きコマを残すとよいでしょう。予習・復習、課題、食事、移動、気分転換に使えます。ただし、空きコマが多すぎると授業が分散したり、卒業に必要な授業を取りにくくなったりする場合もあるため、学習量、通学時間、必修科目の配置を考えて調整してください。