研究室が忙しいのは研究内容が充実しているからなのか、運営が悪いだけなのかどう見分ける？

忙しさだけでは判断できません。研究上の繁忙期があっても、目的や優先順位、予定、指導体制、安全面が明確で、学習や一定の裁量につながるなら、内容に伴う負荷と考えやすいです。一方、指示が頻繁に変わる、研究と無関係な作業が多い、負担が一部の学生に偏る、慢性的な疲弊や休みにくさがある場合は、運営上の問題を疑います。複数の在学生・修了生に具体例を聞き、公式情報とも照合するとよいでしょう。